六三四之剑动画版一共有72集，其中分为少年篇和高中篇。1-49集是少年篇，50-72集是高中篇。故事从主角夏木六三四的出生开始，由于出生的时间为6月3日4点，所以父亲夏木荣一郎便为他取名为六三四；同时六三四的发音与宫本武藏的名字日文发音相，不言而谕，其中也包含了希望他成为一代剑豪的心愿。他的父亲是被称为岩手之虎的剑道高手，母亲也是得到过全国剑道大赛冠军的人，两人都是剑道界享有盛名的人。在这样的父母的薰陶下，六三四从小就热爱剑道，在同龄人中根本找不到对手。但当被父亲带着去奈良探望父亲的前辈兼劲敌东堂国彦时，六三四也找到了自己生命中的宿敌——东堂之子修罗。
两人的第一次交战，六三四输给了修罗的一招直刺上，这也是他初次输给同龄人，令他收起骄傲的态度重新练习剑道。不久，他又遇上了一位影响他至深的人，那就是父亲的弟子大石。这两人的关系既是对手又像师徒，有了大石的狠心雕琢，才让六三四走到了今天。而父亲与东堂的战斗中，虽然胜利却失血而死，但他的拼搏气势却让六三四并没有讨厌剑道，反而更专心地进行练习，希望有一天能战胜东堂父子。到了高中篇中，为了与修罗一战，六三四采取了深山修练，云游日本各地，向各地高手进行挑战。在一次次的磨炼中渐渐成长，最后与修罗的一战中，最终击败了修罗，成为全日本高中的冠军。
