人类与魔物之间的大规模战争「人魔战争」终结后数年。前任皇帝驾崩后，虽然帝国皇位持续空缺，但世界总体趋向和平——。人们依靠根源之力·艾亚路，建立起繁荣的社会。结晶化的艾亚路被称作魔核，它作为魔导器的动力源，甚至能制造出对人们生活不可或缺的、保护城镇不受任何威胁的结界。有一天，在距希佐塔尼亚镇不远的森林的深处。帝国骑士团奈连小队下属的新人骑士尤利·洛威尔、弗连·西佛、以及他们俩的前辈，双胞胎姐妹骑士希苏卡和夏丝提尔正在执行调查艾亚路的异常喷出，以及击退因此而出现的魔物的任务。憧憬骑士团，满怀壮志入团的尤利·洛威尔，重视纪律与正义的弗连·西佛，两人是在帝都扎菲亚斯的平民区一起长大的青梅竹马，时隔数年，在入团仪式上偶然得以重逢。骑士团的队长雷文在深入调查异常变化的过程中，开始怀疑森林遗迹内存在未知的魔导器。而当他们正在进行探索之时，突然发生了影响希佐塔尼亚一带的大规模异变……。尤利和弗连虽然作为骑士团员共同行动，但由于信念的差异而互相争论。了解到帝国黑暗部分的两人，将必须做出贯彻各自「正义」的觉悟……。
