魔法护士小麦讲述的是与地球不同次元，名为“疫苗界”的地方是个和平稳定、四季如春的世界。某天封印在那里的病毒大王「暗魔」跑了出来往地球的方向逃亡正为此事烦恼的疫苗界女神「玛雅」命令见习守护兽「麦丸」去抓暗魔及暗魔所生出来的病毒回来。于是在对于其他次元的事完全无知的地球中，出现了一个不怎么有名的新人角色扮演偶像─中原小麦。她今天刚好在池袋一个会场工作，而奉命追逐病毒却反而被攻击受伤的麦丸突然从空中掉下来，被小麦抱住的麦丸因为感受到她爱的力量，于是将魔法手杖交给小麦，说明了一切事情原委。虽然小麦对这件突如其来的事情感到困惑，但是由于她没大脑且对于有困难的人无法见死不救的个性，于是便一口气答应下来…
