黑杰克，本名间黑男。从小父亲离异，留下母亲独自照顾他。某日与母亲出游，因为工程商的人为疏失，导致母子误踩未爆炸弹引起爆炸。母亲送医后不治，他也受重伤濒临死亡。幸亏本间丈太郎医师的高明医术救活了他。当下，他立下了两个志愿：成为像本间医师一样的一流外科医师并报复杀死母亲的工程商…… 外科医生BLACK JACK不仅没有行医执照，而且总是索要巨额的医疗费，使其在医学界素有恶名，然而他高超的手术技巧却无人能及。他否定传统的价值标准，只按照自己对医学的理念行事，因而被权威医学界所排斥，孤立。但他无所畏惧，在助手--小女孩皮诺可（佩佩，贝贝）的协助下，坚定地沿着自己所信仰的医学之路走下去。
