人类已没有退路而且,人类制定了若乾关系人类生存的计划。抵御外敌保卫地球的イージス计划;旨在发现新母星的超远距离移民船团计划;以及カルネアデス计划。
新西历188年爆发的外星人势力、木星势力和地下势力的战争……封印战争(第2次スーパーロボット大戦α)中各个计划有条不紊的进行着。
新西历189年,由于人类用以封印地球的人造神ガンエデン的破坏而导致封印战争的结束但是,仅仅数周后便出现了一个接一个的动荡的苗头。暗中活动在地球圈的神秘军事组织和外星人,アステロイドベルト宙域出现的巨大的物体,失去联系的超远距离移民船团。
此时将要迎来人类最终的战斗银河终章的战地钟声即将被敲响。