据说，在日本江户的战国时代，当时日本名忍者正与危害人间的妖怪们展开一场宿命对决，包括祖先猿飞佐助、雾隐才藏、三好清海入道、自来也等，在鹤姬的领导下，顺利将妖怪的大头目给引到山下被封解咒的封印之门，将忍者刀插入此地，再加上忍者们拼命的战斗，总算将妖怪大头目给推进封印之门，从此妖怪们就再也不敢出来作怪了。后来到了现代，很多那种传统的观念都已经被高科技的现代生活给取代了，猿飞佐助跟雾隐才藏的后代子孙，却因受到河童用金钱诱骗到河童庙，也就是当年被忍者祖先封印的大门前，将大门解除封印后打开，妖怪终于累积前世的宿仇释放到人间，准备大闹一场，企图要消灭人类，在那情况危急之下，一位游走江湖的秘传忍者，让受到贪婪诱骗的佐助和才藏两人，接受后代鹤姬的协助，与接着加入的两位忍者子孙，清海跟自来也，一起藏匿人间，斩断邪恶，隐姓埋名，成为忍者战队隐连者的最高宗旨。
