然而，北方的动物不知何时吃下了“智慧果实”，诞生智慧，自称“灵”。冒险深入北地的人类探险队在报告中曾经提到：“万里地，十亿灵”。在“灵”的眼中，连“智慧果实”为何物都不知道的人类根本算不上拥有“真正”的智慧，最多只能是“伪灵”。北方“灵”族很快以强大的实力压制了人类的扩张，战争逐渐进入僵持状态，持续不断的冲突几乎贯穿了双方的历史。
GD0113年，残酷的“红河之战”正在将大陆拖入另一个千年战争。突然降临的神秘势力插入战场，以令人绝望的强横实力将双方参战部队屠杀殆尽，“尸山血海”都不足以形容战场上末日降临般的恐怖。人类军团不得不退到“叹息之渊”南方，任何越线行动都会引来神秘势力无情的屠杀。大陆从此进入诡异的和平时期。
GD0137年10月15日，位于人类王国东部沿海的小镇“约克镇”，出现大批居民死亡事件，尸体都长出黑色的花朵。少数幸存者遭到一个血液组成的怪物劫杀。少年尼尔和机器人G逃出约克镇，前往附近的港口城市圣文迪斯求救。
16日，突然出现的大批难民被恐惧驱赶，涌入圣文迪斯避难，却纷纷长出黑色花朵后暴毙。数个小时内，黑色花朵仿佛瘟疫在城内蔓延，死者不断增加，所有逃生的途径都被神秘力量封死。少年尼尔也被卷入恐怖的漩涡中，不得不面对这个世界的残酷与真实……
