与此同时,Vaglass的Enter利用最新的Metaloids病毒创造出可以喷射出令金属材料生锈的Steamroid,这足以导致特命战队一方的机器人Buddyroid因为生锈而无法使用。借助Steamroid的力量,Enter的阴谋暂时得逞,之后他以东京Energy塔为中心肆意收集Enetron,企图将所有的Enertron传送到亚空间。
一旦他的阴谋实现,不仅会令Vaglass的帝王苏醒,连Enertron附近的人们也将被卷入亚空间成为牺牲品。特命战队的伙伴们分外焦急,可是几乎所有的Buddyroid都受到Steamroid的污染。史上最危险的时刻,特命战队Go Buster的伙伴们能否再次拯救世界呢?