潜艇总动员全集动画片讲述的是两只实习小潜水艇阿力和贝贝的深海历险故事。这两个小伙伴在人类教练道哥的指导下，开始在神秘莫测的深海里执行巡逻任务。每天他俩都努力完成教练布置的各项任务，期待着有一天能够从实习生晋级为科研潜水艇。实习过程中，他们常常遇到各种险情，比如，教练道哥被卡在深海海底岩缝中，偶像德叔发动机发生故障掉进岩石里，飞机苏喜被浓雾围困等待紧急救援。 除了危机四伏，两个小伙伴也遇到了很多有趣的狼狈场面，搬运海参时被喷了一身稠糊糊的黏液，运送电鳗被电击得到处乱窜，而费好大劲建好的停靠站轰然倒塌变回一堆零件。阿力和贝贝的两个好朋友——水下脚踏车石头和他身上的寄居蟹布丁，也时不时地给阿力和贝贝帮倒忙。困难危机一次次考验着四个小伙伴的智慧和胆量，在战胜困难的过程中，他们增长了知识，积累了经验，增进了友谊，学会了合作，懂得了爱与勇气能够战胜内心的恐惧，也明白了只要肯努力，
